സാമൂതിരിമാർക്ക് മുമ്പ് തിരുമനശ്ശേരി രാജാക്കൻമാരുടെ കീഴിലായിരുന്നു പൊന്നാനി എന്ന് കരുതപ്പെടുന്നു. സാമൂതിരിമാരുടെ ഭരണം പൊന്നാനിയുടെ സുവർണ്ണ കാലമായിരുന്നുവെന്ന് പറയാം. തങ്ങളുടെ രണ്ടാം തലസ്ഥാനനഗരി എന്ന നിലയ്ക്കായിരുന്നു ഭരണകർത്താക്കൾ ഈ നഗരത്തെ കണ്ടിരുന്നത്. 1498ൽ വാസ്കോഡഗാമ കാപ്പാട് കപ്പലിറങ്ങിയപ്പോൾ സാമൂതിരി പൊന്നാനിയിൽ ആയിരുന്നു പറങ്കിപ്പടയുടെ പേടിസ്വപ്‌നവും, സാമൂതിരിയുടെ നാവികപ്പടത്തലവന്മാരുമായിരുന്ന കോട്ടക്കൽ കുഞ്ഞാലിമരയ്ക്കാർമാർ പല നിലയ്ക്കും പൊന്നാനിയുമായി ബന്ധമുള്ളവരായിരുന്നു കൊച്ചിയിൽ വേരുകളുണ്ടായിരുന്ന ഇവർ കുറേക്കാലം കുടുംബസമേതം പാർത്തിരുന്നത് പൊന്നാനിയിലായിരുന്നു. 1507-ൽ അൽമേഡ എന്ന പറങ്കിപ്പട നായകൻ ഈ നഗരം ചുട്ടെരിച്ചതിനെ തുടർന്നാണ് മരയ്ക്കാർ കുടുംബം പൊന്നാനി വിട്ട് മാറിത്താമസിച്ചതെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു 1766-ൽ ഹൈദരാലിയുടെ കടന്നാക്രമണത്തോടെ സാമൂതിരി ഭരണം അവസാനിച്ചു. തുടർന്ന് പൊന്നാനിയും മൈസൂർ സുൽത്താൻമാരുടെ ഭരണത്തിൻ കീഴിലായി. 1790-92ൽ ടിപ്പുസുൽത്താൻ മൈസൂരിൽ നിന്നും കൊച്ചിയിലേക്ക് പടയെ അയച്ചിരുന്നു അവർ പൊന്നാനി വഴിയാണ് സഞ്ചരിച്ചത്. ഈ വഴിയാണ് ആദ്യകാലത്ത് ടിപ്പുസുൽത്താൻ റോഡ് എന്നും ഇപ്പോൾ പുതുപൊന്നാനി റോഡ് എന്നും അറിയപ്പെടുന്നത്. ടിപ്പുവിൻ്റെ പതനത്തെ തുടർന്ന് ബ്രിട്ടീഷ് ആധിപത്യത്തിലമർന്ന പൊന്നാനി ഹ്രസ്വകാലം ബോബെ പ്രോവിഡൻസിൻ്റെ ഭാഗമായിരുന്നു പിന്നീട് ഒന്നര നൂറ്റാണ്ടിലേറെക്കാലം മദ്രാസ് പ്രോവിഡൻസിലെ മലബാർ ജില്ലയിലാണ് പൊന്നാനി ഉൾപ്പെട്ടിരുന്നത്. 1861-ൽ ചാവക്കാട്, കൂറ്റനാട് വെട്ടത്തുനാട് എന്നീ താലൂക്കുകളുടെ വിവിധ ഭാഗങ്ങൾ കൂട്ടിച്ചേർത്ത് പൊന്നാനി താലൂക്ക് രൂപീകരിക്കുന്നത് വരെ പൊന്നാനി, കൂറ്റനാട് താലൂക്കിൻ്റെ ആസ്ഥാനമായിരുന്നു. 1901 വരെ പൊന്നാനി മുൻസിഫ് കോടതിയുടെ പേര് കൂറ്റനാട് മുൻസിഫ് കോടതി എന്നായിരുന്നു. ഈ പ്രദേശത്തുനിന്നും ഒട്ടനവധി പേർ സ്വാതന്ത്ര്യസമരവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നു. 1921-ൽ മലബാർ കലാപത്തിന് ആരംഭം കുറിച്ച ഖിലാഫത്ത് പ്രവർത്തകരുടെ ഒരു സമ്മേളനം പൊന്നാനിയിൽ വെച്ച് നടക്കുകയുണ്ടായി. 1907-ലാണ് പൊന്നാനി പഞ്ചായത്ത് രൂപീകൃതമാവുന്നത്. 1977 നവംബർ 15-നാണ് പൊന്നാനി നഗരസഭരൂപീകൃതമായത്. ദക്ഷിണേന്ത്യയിലെ പടിഞ്ഞാറൻ തീരത്തെ അതിപുരാതനമായ ഒരു തുറമുഖമാണ് പൊന്നാനി. കേളത്തിലെ പ്രകൃതിദത്ത തുറമുഖങ്ങളിലൊന്നായ പൊന്നാനി മലപ്പുറം, പാലക്കാട് തൃശ്ശൂർ ജില്ലകൾക്ക് ഏറെ ആശ്രയിക്കാവുന്നതും കിഴക്ക് കോയമ്പത്തൂർ വരെയുള്ള പ്രദേശങ്ങൾക്ക് ഏറ്റവും അടുത്തുള്ളതുമായ ഏക തുറമുഖവുമാണ്. നൂറ്റാണ്ടുകളുടെ പാരമ്പര്യമുള്ള ഈ തുറമുഖത്ത് വൻതോതിലുളള കയറ്റിറക്കുമതി നടന്നിരുന്നു. 

പൊന്നാനി തുറമുഖത്ത് അറബികളും, ബ്രിട്ടീഷുകാരുൾപ്പെടെ മറ്റ് യുറോപ്യന്മാരും മലഞ്ചരക്കുവ്യാപാരത്തിൽ ഏർപ്പെട്ടിരുന്നു. 1960-കളിൽ പോലും കപ്പലുകൾ വന്നടുത്തിരുന്ന ഈ തുറമുഖത്ത് 1970-കളുടെ പകുതിവരെ പത്തേമാരികൾ പാതാറിൽ വന്നടുക്കുകയും ചരക്കുകളുടെ കയറ്റിറക്ക് നടക്കുകയും ചെയ്‌തിരുന്നു. പ്രാചീനകാലം മുതൽ ഇവിടെ തഴച്ചുവളരുകയും ഈ അടുത്തകാലം വരെ നിലനിൽക്കുകയും ചെയ്‌തിരുന്ന ഉരു നിർമ്മാണ വ്യവസായം, ഇന്നൊരു മധുരിക്കുന്ന ഓർമ്മ മാത്രമായി അവശേഷിക്കുന്നു. മലബാർ പ്രദേശത്ത് റെയിൽ ഗതാഗതം ആരംഭിച്ചതോടൊ സമുദ്ര വ്യാപാരമേഖല മന്ദീഭവിക്കുകയും കാലക്രമേണ തുറമുഖമെന്ന നിലയ്ക്കുള്ള പ്രാധാന്യം പൊന്നാനിക്ക് നഷ്‌ടപ്പെടുകയും ചെയ്‌തു. ഭാരതപ്പുഴ അറബിക്കടലിൽ ചേരുന്ന അഴിമുഖം, കുഞ്ഞാലിമരയ്ക്കാരുടെ താവളം എന്നിങ്ങനെ ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായും ചരിത്രപരമായും പ്രാധാന്യമുളള പൊന്നാനിക്ക് ഹിന്ദുമതത്തിൻ്റേയും ഇസ്ലാം മതത്തിൻ്റേയും സമുന്നതമായ വൈദിക പാരമ്പര്യവും അവകാശപ്പെടാനുണ്ട്. നിളാനദീതടത്തിൻ്റെ സവിശേഷമായ സാംസ്‌കാരിക പൈതൃകം കാത്തുസൂക്ഷിക്കുന്ന ഈ പ്രദേശം, കേളപ്പജി, ഇടശ്ശേരി തുടങ്ങിയ മഹാപ്രതിഭാശാലികളുടെ കർമ്മമണ്‌ഡലം കൂടിയായിരുന്നു. മലപ്പുറം ജില്ലയുടെ തെക്കേ അറ്റത്ത് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന പൊന്നാനിയുടെ പേരിൽ അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു താലൂക്കും മുനിസിപ്പാലിറ്റിയും ബ്ലോക്ക് പഞ്ചായത്തുമുണ്ട്. എന്നാൽ, പൊന്നാനി നഗരവും തുറമുഖവും ഈ ബ്ലോക്ക് പഞ്ചായത്ത് അതിർത്തിക്കുള്ളിൽ പെടുന്നില്ല. പൊന്നാനി ബ്ലോക്ക് പഞ്ചായത്ത് പ്രദേശത്തെ മുഖ്യ ഉൽപാദന മേഖല കൃഷിയാണ് ഇവിടുത്തെ പ്രധാന കാർഷിക വിള നെല്ലാണ്. 1950-കളുടെ അവസാനം വരെ ഇവിടുത്തെ ഭൂമി സവർണ്ണ ജന്മിമാരും, ദേവസ്വങ്ങളും കൈയ്യടക്കി വച്ചിരിക്കുകയായിരുന്നു കൃഷിക്കാർ ജന്മിമാരിൽ നിന്ന് പാട്ടത്തിനെടുത്ത് കൃഷി നടത്തിപ്പോന്നു. ജന്മിത്വം ഈ കാലഘട്ടത്തിൽ ശക്തമായി നിലനിന്നിരുന്നു. ഭൂപരിഷ്‌കരണ നിയമം ജന്മിത്വത്തിന് അറുതി വരുത്തുകയും അതോടെ കൃഷിക്കാർക്ക് കാർഷിക വൃത്തിയിൽ ആഭിമുഖ്യം വർദ്ധിക്കുകയും ചെയ്‌തു